Θεόφιλος Καΐρης (1784-1853) – Το μεγάλο θύμα της ελληνορθόδοξης Ιεράς Εξέτασης

Από κανένα σκιάχτρο δεν τρομάζεις,
γαληνός, αμετάνοιωτος τ’ αδειάζεις
το πικρό ποτήρι!
Μ’ εσένα ο Χριστός, ιερέ Καΐρη!

Η φυλακή σου γίνεται βωμός,
στεφάνι αχτιδωτό κι ο αφορεσμός,
αγνότερη μια πίστη σ΄ανυψώνει,
όπου ασκλάβωτη η σκέψη αποθεώνει.

Η μάνα σου στο φως και στη δροσιά,
—γεια σας, χρυσά κυκλαδικά νησιά!—,
γυρεύει τη σεμνή σου την εικόνα,
να βάλει του μετώπου της κορώνα.

Μα η Πολιτεία, μα να η μεγάλη μάνα,
που συχνότατα βρέχει ουράνιο μάννα,
στον τιποτένιο ή στον ληστή, κρατεί
την πόρτα της τιμής για σε κλειστή.

Εγώ, ποιητής κριτής –διπλός μου ο θρόνος–
πρώτος, μέσα σε αδιάφορους και μόνος,
στου λόγου τον ορείχαλκο χυμένο
για τους αιώνες τ΄ άγαλμά σου σταίνω!

Κωστής Παλαμάς

Ο Θεόφιλος Καΐρης γεννήθηκε στην Άνδρο στις 19 Οκτωβρίου 1784 και ήταν γιος του Νικόλαου Καΐρη και της Ασημίνας Καμπανάκη. Η οικογένεια του ήταν μία απ’ τις αρχαιότερες στο νησί. Το όνομα Θεόφιλος θα το λάβει αργότερα, ενώ το όνομα το όποιον του δόθηκε από τους γονείς του, ήταν Θωμάς. Ο Θωμάς είχε τρεις αδελφούς, τον Ευγένιο, τον Ιωάσαφ και τον Δημήτριο, καθώς και τρεις αδελφές, την Μαρία, την Λασκαρώ και την περίφημη Ευανθία, «την πρώτην σοφήν Ελληνίδα των νεωτέρων χρόνων», όπως την αποκάλεσαν, η οποία ήταν είκοσι έτη νεότερη απ’ αυτόν και την ανέθρεψε ο ίδιος.

Ο αδελφός του, ο Ευγένιος, πήγε στην Ευρώπη για σπουδές, έγινε αρχιμανδρίτης και πέρασε όλη τη ζωή του στην Τεργέστη, ως εφημέριος της εκεί ελληνικής παροικίας. Τον μοναχικό βίο ακολούθησε επίσης και ο Ιωάσαφ, ο οποίος συνόδευσε τον Θεόφιλο σε όλα τα ταξίδια και τις περιπέτειές του. Ο τρίτος αδελφός του, ο Δημήτριος, δεκαπέντε έτη νεότερός του, διακρίθηκε στο εμπόριο και κατόπιν θα δωρίσει σημαντικά ποσά για την ανέγερση του ορφανοτροφείου τού αδελφού του.

Από μικρή ηλικία ο Θεόφιλος έχει χαρακτήρα σοβαρό και μιλά σαν ενήλικος. Σε ηλικία επτά ετών σώζει ένα παιδί από πνιγμό με κίνδυνο της ζωής του. Αφού μάθει τα πρώτα γράμματα στην σχολή τού Κάτω Κάστρου της Άνδρου, από τον ιεροδιάκονο Ιάκωβο, μετά τον θάνατο του πατέρα του το 1794, μεταβαίνει στις Κυδωνίες (Αϊβαλί) της Μικράς Ασίας κατόπιν προσκλήσεως τού αδελφού τής μητέρας του, Σωφρονίου Καμπανάκη, ο οποίος ήταν εφημέριος στον ναό του Αγίου Γεωργίου Κυδωνιών. Στα 1802 ιδρύεται το «Ελληνομουσείον», η Ακαδημία των Κυδωνιών. Ο Καΐρης φοίτησε στην Ακαδημία και ταυτόχρονα εργαζόταν προσφέροντας βοηθητικές υπηρεσίες στο σπίτι του Χατζή Διαμαντή, γαμπρού του Γρηγορίου Σαράφη, καθηγητή της σχολής. Στην Ακαδημία διδάχθηκε Φιλολογία και Φιλοσοφία από τον Γρηγόριο Σαράφη και Μαθηματικά και Φυσικές επιστήμες από τον περίφημο διδάσκαλο της εποχής Βενιαμίν τον Λέσβιο. Από τις Κυδωνίες μεταβαίνει στην Πάτμο, ακολουθώντας τον Σαράφη, όπου συνεχίζει τις σπουδές του στην ακμάζουσα τότε «Πατμιάδα Σχολή», με καθηγητή τον Δανιήλ Κεραμέα. Δεν παραλείπει να μαθητεύσει και στην, επίσης σημαντική, «Σχολή» τής Χίου, όπου δίδασκαν ο Αθανάσιος Πάριος και ο Δωρόθεος Πρώιος.

Στην ηλικία των δεκαοκτώ ετών, ο Καΐρης γίνεται μοναχός, ενώ το 1801 χειροτονείται διάκονος και λαμβάνει το όνομα Θεόφιλος. Έρχεται πλέον η ώρα να μεταβεί στην Ευρώπη για την συνέχιση των σπουδών του, προκειμένου να γνωρίσει τις νέες επιστημονικές κατακτήσεις και τις νέες φιλοσοφικές ιδέες που κυκλοφορούν εκεί. Το 1803 με δαπάνες του θείου του και μερικών πλουσίων Κυδωνιατών έφυγε στην Ευρώπη. Αρχικά διέμεινε στην Ελβετία, όπου μελέτησε την οργάνωση των διδακτηρίων του μεγάλου παιδαγωγού Πεσταλότσι. Στην συνέχεια, από το 1803 έως το 1807 σπουδάζει στην Ιταλία, στο Πανεπιστήμιο της Πίζας, Φιλοσοφία και Φυσικομαθηματικές Επιστήμες. Παρακολουθεί επίσης και μαθήματα Φυσιολογίας στην ιατρική σχολή τού Πανεπιστημίου με συμφοιτητή τον μετέπειτα πρωθυπουργό Ιωάννη Κωλέττη. Από την Ιταλία μεταβαίνει στο Παρίσι, όπου κυριαρχεί η πνευματική κίνηση, η οποία έχει προκύψει από την Γαλλική Επανάσταση. Εκεί ο Καΐρης αφοσιώνεται στην μάθηση διάφορων φιλοσοφικών μελετών. Εκεί γνωρίζει και τον Αδαμάντιο Κοραή με τον οποίον ανέπτυξε μία στενή σχέση γιου προς πατέρα. Ο Κοραής θα γράψει για τον Καΐρη: «Δύσκολον να εύρη τις εις άλλον τόσην ψυχής απλότητα με τόσον υπέρ τού κοινού καλού ζήλον ηνωμένην. Μ’ εζήτησε πολλάκις, ελθών επίτηδες, συμβουλάς περι των μέσων τού να επιταχύνη την εις τα καλά πρόοδον τού Έθνους…».

Η παραμονή του στο Παρίσι, συνεπάγεται και τον πρώτο σημαντικό κλονισμό των χριστιανικών του πεποιθήσεων. Ήδη από το 1808, κι ενώ βρίσκεται στο Παρίσι, του ζητούν οι Κυδωνιείς να πάει στην πόλη των για να αντικαταστήσει στην καθηγεσία της «Σχολής», τον Βενιαμίν τον Λέσβιο, ο οποίος είναι υποχρεωμένος να αποχωρήσει για λόγους υγείας. Δεν αποδέχεται τότε την πρόσκληση αυτή, προκειμένου να συνεχίσει τις σπουδές του, αλλά όταν τον Ιούλιο τού 1810 επαναδιατυπώνουν το αίτημα αυτό, αναχωρεί αμέσως απ’ το Παρίσι για τις Κυδωνίες.

Όμως ο νεαρός Καΐρης είχε ήδη αποκτήσει τόση φήμη ώστε, ενώ μόλις είχε προφθάσει να μεταβεί στις Κυδωνίες, του απευθύνεται θερμή πρόσκληση εκ μέρους της «Ευαγγελικής Σχολής» της Σμύρνης να πάει να διδάξει σ’ αυτήν. Οι διδάσκαλοι της σχολής, στην οποία άλλοτε είχε μαθητεύσει κι ο Κοραής, στέλνουν και επιστολές προς τον θείο του, τον Σωφρόνιο Καμπανάκη, καθώς και τους διδασκάλους των Κυδωνιών, παρακαλώντας τους να πείσουν τον Καΐρη να πάει στην Σμύρνη. Τον χαρακτηρίζουν «άνδρα αρετή και παιδεία κεκοσμημένον», «φιλόσοφον και θαυμαστήν κορυφήν».

Τελικώς κάμπτεται ο Καΐρης και πηγαίνει στην Σμύρνη, αφού προηγουμένως έχει συμφωνήσει ο Βενιαμίν ο Λέσβιος να διδάξει για μία ακόμη τριετία. Όμως οι προύχοντες της Σμύρνης δεν τηρούν τις συμφωνίες και ο Καΐρης αναγκάζεται να επιστρέψει στις Κυδωνίες περί τα τέλη τού 1811, όπου και αρχίζει να διδάσκει Φυσική και Μαθηματικά. Προκύπτουν ωστόσο προστριβές μεταξύ του Γρηγορίου Σαράφη και του Βενιαμίν του Λεσβίου, οι οποίες προκαλούν την αποχώρηση τού Καΐρη εντός του 1812.

Μετά από μερικούς μήνες (1814), έπειτα από παράκληση των Κυδωνιατών, επιστρέφει για να αρχίσει απερίσπαστος πλέον ένα λαμπρό εκπαιδευτικό στάδιο. Εμπλούτισε, βοηθούμενος από τον Αδαμάντιο Κοραή, τη βιβλιοθήκη της Ακαδημίας με ελληνικά και ξένα συγγράμματα και την εφοδίασε με όργανα Φυσικής, Χημείας, Αστρονομίας και Γεωγραφίας. Η φυσική ευγλωττία του, το ανεπιτήδευτο ύφος, ο πειστικός τρόπος με τον οποίον δίδασκε, καθώς και η χρίση παραδειγμάτων της καθημερινής ζωής, καθιστούν μοναδικό τον τρόπο διδασκαλίας του. Οι δε ψυχικές αρετές του και ο ένθερμος ζήλος του για την υπηρέτηση τού κοινού καλού καθιστούν την «Σχολή» των Κυδωνιών πόλο έλξης μαθητών απ’ όλη της Ανατολή.

Ο Καΐρης είναι ένα δυσθεώρητο μέγεθος, ηθικού, συγκροτημένου και μορφωμένου ανθρώπου για την εποχή του (ίσως και για την δική μας), έχοντας μία όσο το δυνατόν πληρέστερη κατάρτιση και μιλώντας αρχαία ελληνικά, λατινικά, ιταλικά, γαλλικά, γερμανικά και αγγλικά. Ενδιαφέρθηκε για την Αρχαιολογία, και οι έρευνές του οδήγησαν σε σημαντικές ανακαλύψεις στην γενέτειρά του. Ασχολήθηκε με τη Βοτανολογία και καταχώρησε σε καταλόγους πολλά από τα φυτά του τόπου του καταγράφοντας συγχρόνως τις φαρμακευτικές τους ιδιότητες.

Εν τω μεταξύ δεν παύει να διατηρεί αλληλογραφία με τον Αδαμάντιο Κοραή. Στις 6 Αυγούστου 1814 του γράφει: «Είναι των αδυνάτων αδύνατον, όταν πέση λόγος περί μαθήσεως, να μην αναφέρω το όνομά σου. Και πως όχι, όταν οι Έλληνες όλοι, νέοι και γέροντες, χρεωστούσι να σε έχωσι και εις την καρδίαν και εις τα χείλη; Κατά το παρόν κατοικώ εν Κυδωνίαις της Ασίας διδάσκων εις το εν αυτοίς Γυμνάσιον, Φυσικήν και Μαθηματικά. Οι άρχοντες συμφωνούν βλέποντες τους καρπούς της παιδείας και αισθανόμενοι της τούτων γλυκύτητος. Ο λαός ήνοιξεν ολίγον τους οφθαλμούς· όλοι κοινώς, μικροί και μεγάλοι, επιθυμούν να ίδωσι τα τέκνα των πεπαιδευμένα. Οι διδάσκαλοι, όσο το δυνατόν, οικονομούσι την αναγεννωμένην ταύτην ροπήν, και ούτω προέρχονται εξ αυτής, όχι μικρά καλά».

Και η αδελφή του Ευανθία έχει αλληλογραφία με τον Κοραή και του ζητάει να της στείλει γαλλικά παιδικά βιβλία προκειμένου να τα μεταφράσει στα ελληνικά

Στο πρόσωπο τού Θεόφιλου Καΐρη, ο Κοραής βλέπει έναν πολύτιμο πρωτεργάτη της πνευματικής αναγεννήσεως της υπόδουλης Ελλάδος. Την 5η Απριλίου 1815, ο Αδαμάντιος Κοραής τού γράφει τα εξής: «Σε παρακαλώ και τούτο πριν αποθάνω· με τον Βάμβαν να ενωθής σφιγκτά και με τον Κούμαν και να κάμετε ιεράν συνωμοσίαν υπέρ της αναγεννήσεως της νεκρωμένης ημών πατρίδος· και θέλεις ιδείν πόσα καλά απροσδόκητα μέλλει να γεννήση η τοιαύτη σύμπνοια. Είναι και οι δύο στενοί μου φίλοι και πείθονται εις τας συμβουλάς μου, όχι ως σοφωτέρου, αλλ’ ως γηραλαιοτέρου και ως μαθόντος διά την μακρά μεταξύ φωτισμένων εθνών διατριβήν πως διαδίδονται και πως αυξάνονται τά φωτα. Άκουσέ με και συ διά την αγάπην της Ελλάδος, και προθυμήθητε και οι τρεις αντάμα να την πλύνετε από τον βόρβορον της απαιδευσίας διά να αξιωθήτε, όταν φθάση η τελευταία σας ώρα, να εκφωνήσητε χωρίς κομπασμόν ή της συνειδήσεως κανένα δισταγμόν τα άξια της ελληνικής ψυχής λόγια ταύτα: “Δεν σε φοβούμαι θάνατε, επειδή η ζωή μου όλη αφιερώθη εις ωφέλειαν της πατρίδος μου”».

Η αναγνώριση τού Καΐρη είναι καθολική· διατηρεί μάλιστα αλληλογραφία και με τον Νεόφυτο Βάμβα και με τον Άνθιμο Γαζή, εκδότη του περίφημου περιοδικού «Ερμής Λόγιος». Όταν δε το 1820 ο Καΐρης θέλησε να παραιτηθεί της διδασκαλίας στην «Σχολή», προκειμένου να μεταβεί στην Άνδρο, ο Κωνσταντίνος Οικονόμος, ο μετέπειτα σφοδρός, εξ αιτίας των θρησκευτικών του πεποιθήσεων, εχθρός του, τον εκλιπαρεί να παραμείνει. Γράφει μεταξύ άλλων: «Η αναχώρησίς σου ερημώνει το σχολείον… Η καθέδρα σου, χωρίς διάδοχον θέλει βλέπεσθαι ως έρημον της ιεράς σοφίας χρηστήριον… Οι φίλοι τής παιδείας των ομογενών θέλουν κλαύσει· οι εχθροί θέλουν επιχαρή· οι αλλόφυλοι θέλουν μας καταφρονήσει· και συ αύτος θέλεις έχει προ οφθαλμόν αείποτε τας λυπηράς ταύτας εικόνας». Με επαινετικούς λόγους απευθύνεται προς αυτόν και ο διδάσκαλος της «Σχολής» της Χίου, Κωνσταντίνος Βαρδαλάχος· ο δε Θεόκλητος Φαρμακίδης, ο μετέπειτα εισηγητής τού αυτοκέφαλου της Εκκλησίας της Ελλάδος τού γράφει: «Εις το σχολείον των Κυδωνιών είχα την τύχην και εγώ να σπουδάσω προς καιρόν, αφ’ ου ανεχώρησα εις Ιταλίαν λυπούμαι ότι δεν έτυχε να σε γνωρίσω προσωπικώς· την φήμην άκουσα· παρά πολλών εβεβαιώθην τόσον περί της προκοπής σου όσον και περί της αρετής σου…».

Εκτός των Ελλήνων προστίθενται και ξένοι θαυμαστές τού Καΐρη, όπως ο γνωστός φιλέλληνας Φιρμίν Ντιντότ. Ό Ντιντότ, ο μετέπειτα περίφημος τυπογράφος, μεταβαίνει στις Κυδωνίες, για να φοιτήσει στην «Σχολή», και εισηγείται ένα μεγαλόπνοο σχέδιο στο οποίο βρίσκει πολύτιμο συμπαραστάτη τον Καΐρη: Να υιοθετηθεί η αρχαία ελληνική γλώσσα, και μάλιστα όχι μόνο στον γραπτό λόγο, αλλά και στον προφορικό. Οι μαθητές τής «Σχολής» ενθουσιάζονται και σπεύδουν μάλιστα να μεταβάλουν τα ονόματά των σε αρχαία ελληνικά: Ο Σαμουήλ μετονομάζεται σε Νικία, ο Ιωάννης σε Περικλή, ο Δημήτριος σε Θεμιστοκλή…

Το 1818 αποφασίζει ο Θεόφιλος Καΐρης να ιδρύσει τυπογραφείο στην πόλη. Για τον σκοπό αυτό στέλνει στο Παρίσι τον μαθητή του Κωνσταντίνο Τόμπρα, ο οποίος αφού σπουδάσει επί δύο έτη την τυπογραφική τέχνη στο πλευρό τού Φιρμίν Ντιντότ, επιστρέφει φέρνοντας πιεστήριο και ελληνικά τυπογραφικά στοιχεία. Έτσι, ιδρύεται το «Τυπογραφείον» τής «Σχολής» των Κυδωνιέων και προσδίδει ακόμη μεγαλύτερο κύρος σ’ αυτήν, η οποία αποκαλείται, όχι μόνο «Γυμνάσιον», «Μουσείον», «Ελληνομουσείον», αλλά και «Φιλοσοφική Σχολή» και «Ακαδήμεια». Μόνο το 1819, αποφοίτησαν απ’ αυτήν 62 μαθητές, οι οποίοι διασκορπίστηκαν σε όλη την Ανατολή ως διδάσκαλοι, φορείς τού πνεύματος της «Σχολής».

Η έκρηξη της Ελληνικής Επανάστασης το 1821 σήμανε όμως και το τέλος της «Σχολής». Οι Τούρκοι επιτίθενται στην ακμάζουσα πόλη των Κυδωνιών και, αφού αντιμετωπίζουν την σθεναρή αντίσταση των επαναστατημένων Ελλήνων, καταλαμβάνουν την πόλη και την πυρπολούν. Εικοσιπέντε χιλιάδες κάτοικοι της πόλεως διασκορπίζονται σε διάφορα μέρη. Κατορθώνει να διασωθεί ο Κωνσταντίνος Τόμπρας μεταφέροντας τα τυπογραφικά μηχανήματα, και καταφεύγει στο Ναύπλιο όπου και επανιδρύει το τυπογραφείο. Ο άλλος καθηγητής της «Σχολής» των Κυδωνιών, ο Γρηγόριος Σαράφης, θα κατορθώσει κι αυτός να διαφύγει και να εγκατασταθεί στην Ύδρα, όπου και θα διδάξει μέχρι τον θάνατό του το 1823.

Ο Καΐρης, μυημένος από το 1919 στην Φιλική Εταιρεία από τον Αριστείδη Παππά, αφού εγκαταλείπει κι αυτός τις Κυδωνίες, περνά αρχικά από τα Ψαρά με εκατό μαθητές του, όπου εκφωνεί φλογερό πατριωτικό λόγο στον ναό τού Αγίου Νικολάου. Κατόπιν μεταβαίνει στην Άνδρο όπου υψώνει την σημαία τής ελευθερίας. Μόλις μαθαίνει για την εκστρατεία στον Όλυμπο, την οποία σχεδιάζει ο Γρηγόριος Σάλας, πρώτος υπασπιστής τού Δημητρίου Υψηλάντη, σπεύδει ενθουσιωδώς να συμμετάσχει. Την 25η Νοεμβρίου 1821 αποπλέει ο Σάλας από την Πελοπόννησο, αλλά δυστυχώς καθυστερεί πολύ να φθάσει στον προορισμό του, γιατί περιπλανάται στα νησιά τού Αιγαίου επί τέσσερις μήνες. Αποτέλεσμα της αργοπορίας αυτής ήταν η αποχώρηση των περισσοτέρων μαχητών· μόνο ο Θεόφιλος Καΐρης, ο Πολωνός φιλέλληνας Λεζίνσκι και μερικοί άλλοι έμειναν. Τελικά φθάνουν στην περιοχή τού Όλύμπου περί τα τέλη Μαρτίου του 1822 και αρχίζουν να συνεννοούνται με τους κατοίκους, προκειμένου να οργανωθεί επανάσταση. Όμως, η έλλειψη όπλων και εφοδίων μειώνουν τον ζήλο των ανθρώπων, με αποτέλεσμα να στρατολογηθεί μικρός αριθμός μαχητών και οι οπλαρχηγοί να αναλώνονται διαρκώς σε διαφωνίες. Ωστόσο, ο Καΐρης με εμπνευσμένα εθνεγερτικά κηρύγματά του, κατορθώνει να εξαλείψει τις παλαιές έχθρες και να εμφυσήσει εκ νέου τον ενθουσιασμό στους στρατιώτες. Αλλά όμως οι Τούρκοι που κινήθηκαν εναντίον των υπερτερούν κατά πολύ σε αριθμό κι εξοπλισμό. Στην μάχη οι Έλληνες ηττώνται και ο Καΐρης δέχεται τρεις σφαίρες. Αναγκάζονται λοιπόν να υποχωρήσουν προχωρώντας προς τα βορειοδυτικά σε άγνωστες περιοχές. Προχωρούν μόνο νύχτα και τους καθοδηγεί ο Καΐρης βάσει αστρονομικών παρατηρήσεων και υπολογισμών. Η ταλαιπωρία των είναι απερίγραπτη, καθώς μάλιστα δεν έχουν τι να φάνε και αναγκάζονται να τρώνε άγριους καρπούς και χόρτα τα οποία συλλέγουν στο σκοτάδι. Τελικώς κατορθώνουν να φθάσουν στον Ασπροπόταμο όπου βρίσκουν καταφύγιο και περιποίηση στην οικία τού στρατηγού Στουρνάρα, ο οποίος έπεσε μαχόμενος κατά την έξοδο τού Μεσολογγίου. Από τον Ασπροπόταμο, ο Καΐρης κατεβαίνει στην Κόρινθο κι από κει μεταβαίνει στην Άνδρο, όπου και παραμένει επί δύο μήνες προκειμένου να θεραπευθούν τα τραύματά του, ιδίως η πληγή στην κνήμη, η οποία θα μεταβληθεί σε χρόνιο έλκος και θα τον ταλαιπωρεί σε όλη την ζωή. Μόλις συνέρχεται κάπως από τα τραύματά του, το πρώτο του μέλημα είναι να οργανώσει σε στρατιωτικό σώμα, τους Κυδωνιείς που κατέφυγαν στην ελεύθερη Ελλάδα.

Εκτός όμως από μαχητής, ο Καΐρης συμμετέχει ενεργά στους νεοτεύκτους πολιτικούς θεσμούς τής επαναστατημένης Ελλάδος. Εκλέγεται σταθερά πληρεξούσιος της Άνδρου στις εθνικές συνελεύσεις και είναι ένας εκ των κυριότερων συντακτών τού πολιτεύματος τού Άστρους. Παρακολούθησε τις εργασίες της Α΄ Εθνοσυνέλευσης στην Επίδαυρο (20 Δεκεμβρίου 1821–15 Ιανουαρίου 1822) χωρίς επίσημη ιδιότητα, επειδή δεν εκπροσωπούνταν οι Κυκλάδες. Στη Β΄ Εθνοσυνέλευση του Άστρους (29 Μαρτίου–27 Απριλίου 1823) είχε ενεργό συμμετοχή και τον Μάιο του ίδιου έτους έγινε μέλος επιτροπής για την επεξεργασία και διόρθωση των «εγκληματικών νόμων» και του «οργανισμού των δικαστηρίων». Στην επιδημία τύφου, που ξέσπασε στο Ναύπλιο το 1824, παρά την κλονισμένη υγεία του βοήθησε με αυταπάρνηση τους χειμαζόμενους. Τον Απρίλιο του 1824 υπέβαλε παραίτηση από το αξίωμα του βουλευτή για λόγους υγείας, που έγινε δεκτή από το Βουλευτικό Σώμα με ευχαριστίες. Οι Ανδριώτες όμως, επέμειναν να τους εκπροσωπεί στο Βουλευτικό. Το Σεπτέμβριο του 1824 επέστρεψε στην Πελοπόννησο ως παραστάτης Άνδρου για τη Γ’ Βουλευτική Περίοδο -ανέλαβε και προσωρινά την προεδρία του Βουλευτικού Σώματος- και τον Οκτώβριο συμμετείχε σε επιτροπή για τη σύνταξη οργανισμού των επαρχιακών σχολείων. Στα 1826 εξελέγη πληρεξούσιος Άνδρου για τη Γ΄ Εθνοσυνέλευση στην Επίδαυρο (6–16 Απριλίου 1826), αλλά δεν συμμετείχε στις εργασίες της, επειδή διατελούσε μέλος του Βουλευτικού Σώματος.

Ο Θεόφιλος Καΐρης προσπαθεί πάντοτε να βοηθά κατά το δυνατόν, τόσο τους συντοπίτες του Ανδρίους, όσον και όλους τους Έλληνες. Χάρις σε δική του μεσολάβηση π.χ. εστάλη από τον Ελβετό τραπεζίτη και φιλέλληνα Ζαν Γκαμπριέλ Ρεϊνάντ, πλοίο με τρόφιμα και ρούχα για τους Πελοποννήσιους εκτοπισθέντες από τον Ιμπραΐμ.

Η εμπιστοσύνη και η εκτίμηση με τις οποίες είχαν περιβάλλει οι συμπατριώτες του τον Καΐρη, καταφαίνεται εκ του γεγονότος ότι υπεδείχθη ομόφωνα να εκφωνήσει τον χαιρετιστήριο λόγο προς τον κυβερνήτη Ιωάννη Καποδίστρια την 12η Ιανουαρίου 1828. Αξίζει να σημειωθεί, πως, όπως γράφτηκε τότε, ο Καΐρης εκφώνησε αυτόν τον λόγο, αυτοσχεδιάζοντας, χωρίς να διαβάζει από χαρτί. Ένας ένθερμος πόθος διατρέχει τον λόγο: Η ομοψυχία της Ελλάδος και η δίκαια διακυβέρνησή της…

Επόμενο μέλημα τού Καΐρη είναι πλέον η πραγματοποίηση του μεγάλου του ονείρου, η δημιουργία ορφανοτροφείου στην Άνδρο για την περίθαλψη και την εκπαίδευση των ορφανών των αγωνιστών τής Επαναστάσεως. Την ιδέα αυτή, την έχει συλλάβει ήδη από το 1826 και από τότε ζητά οικονομική συνδρομή, προκειμένου να θέσει το φιλόδοξο σχέδιό του σε εφαρμογή. Ο Καΐρης, αφού προηγουμένως έχει χειροτονηθεί πρεσβύτερος, περιέρχεται πολλές χώρες της Ευρώπης, όπως την Γαλλία, την Αγγλία, την Ιταλία και την Αυστρία, προκειμένου να πραγματοποιήσει εράνους, αλλά και να συλλέξει βιβλία και όργανα διδασκαλίας για το ορφανοτροφείο. Η ανταπόκριση είναι ενθουσιώδης, όλοι έχουν τις μεγαλύτερες προσδοκίες από το εγχείρημα τού Θεόφιλου Καΐρη, ενός ανθρώπου για τον οποίον μόνον τα καλύτερα λόγια έχουν να πουν οι σύγχρονοί του. Ό Σπυρίδων Τρικούπης, ο μετέπειτα πρωθυπουργός της Ελλάδος, θα πει μεταξύ άλλων για τον Καΐρη: «Τον εγνώρισα επί της εθνικής μας επαναστάσεως μεταξύ κακώσεων, πειρασμών και κινδύνων. Τον είδα πάντοτε πατριώτην ενθουσιώντα, χρηστοήθους διαγωγής, ακόμπαστον σοφόν, αφιλοκερδέστατον και υπέρ των άλλων μάλλον ή περί εαυτού φροντίζοντα».

Το 1835, ο βασιλιάς Όθωνας του απονέμει το κορυφαίο παράσημο, τον «Χρυσό Σταυρό τού Σωτήρος», το οποίον όμως αποποιείται στέλνοντας μία ιστορική επιστολή στον βασιλιά, όπου γράφει μεταξύ άλλων ότι «δεν έπραξα τίποτε άξιον τοιούτου βραβείου» και ότι «ικανή μένει αμοιβή ότι επροσπάθησα τουλάχιστον να κάμω το προς την πατρίδα χρέος του, ικανή ευχαρίστησις, ότι την είδα κατά του αγρίου εχθρού και τυράννου θριαμβεύουσαν, αρκετή χαρά και αγαλλίασις να φθάσω εις το τέρμα της ζωής μου βέβαιος ότι δεν εματαιώθησαν όσαι θυσίαι έγειναν και όσα αίματα εχύθησαν δι’ αυτήν…».

Στις 22 Απριλίου 1827, ο Θεόφιλος Καΐρης διορίζεται με διάταγμα του Όθωνα, καθηγητής της Φιλοσοφίας στο νεοϊδρυθέν τότε «Πανεπιστήμιο Αθηνών», αλλά και πάλι αρνείται, προβάλλοντας το επιχείρημα ότι καθηγητής δεν είναι μόνο όποιος διδάσκει στο πανεπιστήμιο ή σε άλλα κρατικά εκπαιδευτικά ιδρύματα, αλλά και όποιος διά της διδασκαλίας και των συγγραμμάτων του ωφελεί τον κόσμο σε οποιοδήποτε μέρος της γης και αν βρίσκεται. Λόγω των αρνήσεων αυτών, ο τότε φίλος και αργότερα αμείλικτος πολέμιός του, Κωνσταντίνος Οικονόμος, σημείωσε ότι ο Καΐρης «εφαίνετο σφόδρα δημοκρατικός». Μάλλον όχι αβάσιμα, καθώς ο Καΐρης ήταν αντίθετος της βασιλείας, θεωρώντας ότι ο διορισμός του Όθωνα ήταν ευθέως αντίθετη με την ανεξαρτησία της χώρας, πιθανών επειδή έζησε τα μετά την Γαλλική Επανάσταση χρόνια στο Παρίσι και είχε επηρεασθεί από τις φιλελεύθερες ιδέες της.

Εν τω μεταξύ, ενώ οι προετοιμασίες για την ίδρυση του ορφανοτροφείου προχωρούν, ο Καΐρης, θέλοντας να προωθήσει τις φιλοσοφικές του ιδέες ιδρύει στο Λονδίνο τον «Ελληνικόν Σύλλογον της Θεοσοφίας». Δυστυχώς, δεν είναι σήμερα γνωστόν ότι τον όρον «θεοσοφία», δεν τον χρησιμοποίησε πρώτη η Έλενα Μπλαβάτσκι αλλά ο Θεόφιλος Καΐρης, λαμβάνοντάς τον από τους νεοπλατωνικους φιλοσόφους.

Τον Σεπτέμβριο του 1835 τελούνται τα εγκαίνια του ορφανοτροφείου, το οποίο στεγάζει αρχικά 30 ορφανά, τα οποία και παντοιοτρόπως φροντίζει ο Καΐρης: «Αυτός καθηγητής, αυτός τροφεύς, αυτός πατήρ και κηδεμών και νοσηλευτής, αυτός τα πάντα γινόμενος προς τους ορφανούς», θα πει χαρακτηριστικά ο Κωνσταντίνος Οικονόμος.

Εκτός όμως από τα εσώκλειστα ορφανά, συρρέουν στην σχολή πολλοί μαθητές απ’ όλη την Ελλάδα, τόσο της ελεύθερης, όσο και της υπόδουλης. Η σχολή περιελάμβανε τριετείς σπουδές και ποικιλία μαθημάτων: Ελληνικά, Φιλολογία, Φιλοσοφία, Μεταφυσική, Ηθική, Ρητορική, Ποιητική, Λογιστική, Ανώτερα Μαθηματικά, Πειραματική Φυσική (η οποία διδάσκεται για πρώτη φορά στην Ελλάδα διά πειραμάτων), Αστρονομία (ο Καΐρης είναι και ο πρώτος ο οποίος φέρνει στην Ελλάδα τηλεσκόπιο) κ.ά., τα δίδασκε ο ίδιος ο Καΐρης (αξιοποιώντας όμως και τους καλύτερους μαθητές των μεγαλύτερων τάξεων για την διδασκαλία των μικρότερων). Επίσης, στην τελευταία τάξη, ο Καΐρης διδάσκει και Θρησκειολογία· παρουσιάζει δηλαδή τις βασικές διδασκαλίες όλων των θρησκειών, χωρίς να εκφέρει κρίσεις επ’ αυτών. Η δραστηριότητα της σχολής δεν εξαντλείται στην διεξαγωγή των μαθημάτων, αλλά περιλαμβάνει και ψυχαγωγικές δραστηριότητες· π.χ. κατά τον εορτασμό της Αποκριάς οργανώνονται παραστάσεις θεατρικών έργων, τα οποία μάλιστα γράφει ο ίδιος ο Καΐρης.

Η σχολή τίθεται σε πλήρη λειτουργία από την 9η Ιανουαρίου 1836, έτος κατά το οποίον οι μαθητές της φθάνουν τους 600. Δεν έρχονται πλέον στην σχολή μόνο ορφανά, αλλά συρρέουν και παιδιά πλουσίων και ενήλικες, απ’ όλον τον ελληνικό κόσμο, κατά εκατοντάδες, προκειμένου να γίνουν μαθητές τού σοφού και ενάρετου διδασκάλου τού Γένους. Όλοι μαγεύονται από τον ενθουσιώδη και γοητευτικό λόγο του, την σοφή διδασκαλία του, αλλά και την πατρική αγάπη και στοργή με την οποία περιέβαλλε τους μαθητές του. Η παιδαγωγική μέθοδος του Καΐρη στηρίζονταν στην ελεύθερη έκφραση του μαθητή και το φιλελευθερισμό. Ο ίδιος μάλιστα ονόμαζε τα μαθήματα «συνδιαλέξεις». Μεταξύ των μαθητών συγκαταλέγεται ο μετέπειτα πρωθυπουργός Θεόδωρος Δηλιγιάννης, καθώς και ο κατοπινός εθνικός ευεργέτης Ανδρέας Συγγρός. Για να γίνει αντιληπτό το μέγεθος της ακτινοβολίας τού Καΐρη, αρκεί ν’ αναφερθεί ότι στην σχολή του συρρέουν και ξένοι, Βούλγαροι και Τούρκοι. Μεταξύ αυτών, ο Βούλγαρος επίσκοπος Ιλαρίων, ένας εκ των πρωτεργατών τού βουλγαρικού σχίσματος αργότερα, καθώς και ο Αχμέτ Ρασίμ πασάς, ο οποίος ήταν γιος Ελληνίδας και φιλέλληνας.

Ήδη από το 1838 κυκλοφορεί η φήμη ότι ο Καΐρης μυεί τους ωριμότερους απ’ τους μαθητές του σε διδασκαλίες αντίθετες προς τα δόγματα του Χριστιανισμού, συγκεκριμένα δε ότι αρνείται την θεότητα του Ιησού, το θεόπνευστο της Αγίας Γραφής, το μυστήριο της Αγίας Τριάδος, τα μυστήρια και τις τελετές της Εκκλησίας, τις εικόνες και τις νηστείας.

Πράγματι, ο Καΐρης υπήρξε ιδρυτής νέας θρησκείας, την οποία αποκάλεσε «Θεοσέβεια», υιοθετώντας έναν αρχαίο ελληνικό όρο για την έννοια της θρησκείας. Το θρησκευτικό του σύστημα εκτίθεται κατά κύριον λόγον στα έργα «Θεοσεβών προσευχαί και ιερά άσματα», «Θεοσεβικαί γνώμαι και υποθήκαι ή θεοσεβικά αναγνώσματα», και στην «Επιτομή της θεοσεβικής διδασκαλίας και ηθικής». Ο Καΐρης πιστεύει στην ισότητα και την ουσιαστική ελευθερία του ατόμου, στην αθανασία της ψυχής, δέχεται ότι υπάρχει ένας και μόνο Θεός αλλά απορρίπτει τη θεϊκή φύση του Ιησού, τον οποίο θεωρεί ως έναν απλό Εβραίο διδάσκαλο της ηθικής, την τριαδικότητα του Θεού, τα μυστήρια, τις εικόνες και την λατρεία τους, στην θέση των οποίων, προτείνει να αναγράφονται σοφά ρητά.

Τα κυριότερα σημεία της διδασκαλίας του είναι τα εξής:
Κατ’ αρχάς, ειδοποιός διαφορά τού ανθρώπου από τα ζώα, είναι η δυνατότητά του να αναζητά την πρωτεύουσα αλήθεια και να τείνει προς το άπειρον και το απόλυτον. Δύο βασικές έμφυτες δυνάμεις διαθέτει ο άνθρωπος: Το απειροτατικόν και το θεοσεβικόν, δυνάμεις οι οποίες πείθουν τον άνθρωπο για την ύπαρξη του απειροτελείου Θεού και για το ότι έχει ο ίδιος ψυχή άυλη και αθάνατη.

Ο Θεός τού Καΐρη δεν είναι ωστόσο ο προσωπικός Θεός τού Χριστιανισμού, ο εξωκοσμικός ο οποίος δημιουργεί τον κόσμο εκ του μηδενός, αλλά το απρόσωπο θείον τού Πλάτωνα, των νεοπλατωνικών και του Πλήθωνα. Χαρακτηριστικά τού Θεού είναι, μεταξύ άλλων, το ενιαίο, το αιώνιο, το άτρεπτο, το απλό, το πανταχού παρείναι, το πάνσοφο και το δημιουργικό. Ορισμένες δε από τις ιδιότητές του, όπως η δικαιοσύνη και η σοφία δύναται να τις αποκτήσει και ο άνθρωπος. Ο άνθρωπος είναι επίσης, ούτως ή άλλως, κατά τον Καΐρη, προικισμένος με πλειάδα ψυχικών δυνάμεων (γνωστικών, συναισθηματικών, βουλητικών, λογικών και άλλων) χάρις στις οποίες μπορεί να ερευνά τον κόσμο και να ανακαλύπτει τις αιτίες των διαφόρων φαινομένων. Σύνθημα των θεοσεβών είναι το ρητό «Θεόν σέβου». Επίσης, ο Καΐρης συνθέτει θεοσεβικούς ύμνους και θεοσεβικά αναγνώσματα. Αξίζει δε να σημειωθεί ότι στους ύμνους και τις προσευχές υιοθετεί την δωρική διάλεκτο. Το «Σύμβολον της θεοσεβικής πίστεως» αρχίζει με τους εξής λόγους: «Έναν οίδα Θεόν, Πωατάν, και Προνοατάν, και Συντηρατάν, και Κυβερνάταν του Παντός· Παντοδύναμον, Πάνσοφον, Πανάγαθον, απειροτέλειον Νουν, το υπέρτατον και μακαριώτατον Ον, το ακρότατον των εφετών και των αγαθών, το αυτάγαθον και αυτοκαλόν». Γράφει δε περαιτέρω: «Ομολογώ την αθανασίαν τού ανθρώπου, και πάντων των θεοσεβείν δυναμένων λογικών όντων».

Ο Καΐρης καθιερώνει επίσης νέο ημερολόγιο, κατά το οποίον το έτος δεν αρχίζει από την 1η Ιανουαρίου, αλλά από την 24η Σεπτεμβρίου, της Φθινοπωρινής Ισημερίας δηλαδή, κατ’ ακολουθίαν των αρχαίων ελληνικών προτύπων. Ο δε μήνας υποδιαιρείται σε 3 δεκάδες αντί τεσσάρων εβδομάδων, ενώ αλλάζουν επίσης και τα ονόματα των μηνών (εμπνευσμένα από την αρχαία Ελλάδα: Θεοσέβιος, Σοφάρετος, Δίκαιος κ.ά.). Επιπλέον, καταργείται η χριστιανική χρονολογία και υιοθετείται νέο σύστημα, του οποίου αφετηρία είναι το έτος 1801. Οι ιερείς της νέας θρησκείας καλούνται «θειαγοί» και «ιεραγοί», προέρχονται κι απ’ τα δύο φύλα και διαιρούνται σε πέντε τάξεις: «Κοσμήτορες», «αναγνώστες», «υμνωδοί», «θεοκήρυκες» και «λειτουργοί».

Η θεία λατρεία ωφείλει να τελείται εντός περίτεχνων και «καλλίστων» ναών. Όπως διακηρύττει ο Καΐρης: «Καίτοι το σύμπαν τόδε, και έκαστος μάλιστα θεοσεβής, ναός θείος εστίν, ένθα λατρεύεται ο των απάντων απειροτέλειος Δημιουργός, οικοδομούσι μέντοι οι θεοσεβείς ως οίον τε καλλίστων ναούς, εξαιρέτω και πρεπούση αρχιτεκτονική χρώμενοι, επί το κοινή κατά τεταγμένας ημέρας συνέρχεσθαι και την λογικήν τω Υψίστω προσάγειν λατρείαν, και του θείου λόγου ακροάζεσθαι».

Οι θεοσεβείς έχουν βεβαίως και γιορτές. Κάθε δεκάτη τού μηνός συνέρχονται στον ναό, αλλά και κατά τις ισημερίες και τις τροπές, και τελούν ειδικούς εορτασμούς. Η θεοσεβική λατρεία διαπνέεται απ’ άκρου εις άκρον από πηγαίο αίσθημα λατρείας προς τη φύση, προς το παν. Ο ιερέας σε μια εκ των θεοσεβικών επικλήσεων, απευθύνεται προς το θείον, ως εξής: «Ω Δύναμις και Σοφία, και Αγαθότης, και Παντελειότης! Ω τάξις, και ποικιλία, και αρμονία, και παντοδαπότης, και ενότης, αις το Σύμπαν τόδε κατεκόσμησας! Ω νόμοι καθ’ ους, και λόγοι δι’ ους τα εν αυτώ συμβαίνειν διέταξας φαινόμενα».

Εδώ πρέπει να επισημανθεί και το εξής: Ο Καΐρης είχε καλλιεργήσει ιδιαιτέρως την ιδέα της ανεξιθρησκίας και του σεβασμού της παιδικής προσωπικότητος. Ένας συγγενής τού Καΐρη, όταν τον πίεζαν να βαπτίσει τα παιδιά του, έλεγε: «Τα τέκνα μου δεν τα βαπτίζω· όταν δε ταύτα φθάσωσιν εις νόμιμον ηλικίαν, τότε ας εκλέξωσι μόνα των οποίαν επιθυμούσι θρησκείαν».

Η νέα θρησκεία αρχίζει βαθμιαία να αποκτά μεγάλη απήχηση. Σ’ αυτό συμβάλλει δε πολύ και η προσωπική ακτινοβολία τού Καΐρη. Για πρώτη φορά το 1839 φθάνουν οι πρώτες φήμες κατά του Καΐρη στην Ιερά Σύνοδο και τον Ιούλιο του έτους αυτού, αποφασίζει η Σύνοδος, παρακάμπτουσα την αντίθετη άποψη του Θεοκλήτου Φαρμακίδη, να στείλει επίσημη επιστολή προς τον Καΐρη, ζητώντας εξηγήσεις. Η δοθείσα απάντηση από τον Καΐρη κρίνεται ωστόσο ασαφής και ανεπαρκής και η Σύνοδος απαιτεί εκ νέου από τον διδάσκαλο να αποκηρύξει τις απόψεις του. Στις 7 Αυγούστου 1839, ο Καΐρης απαντά υπερασπιζόμενος το δικαίωμά του να διδάσκει διάφορες φιλοσοφικές απόψεις, αν και υποστηρίζει ότι δεν τις διδάσκει με σκοπό τον προσηλυτισμό σ’ αυτές.

Η Σύνοδος, δεν ικανοποιείται ούτε απ’ αυτήν την απάντηση και του αποστέλλει νέα, την τρίτη πλέον, επιστολή, όπου τον καλεί να εμφανισθεί και να απολογηθεί ενώπιόν της. Ο Καΐρης αρνείται και δηλώνει με απόγνωση, ότι βρισκόμενος κάτω από τέτοια πίεση θα φύγει από την Ελλάδα: «Παρακαλώ να με συγχωρηθή να διατρίψω μεταξύ της ορφανικής ταύτης οικογενείας μου μέχρι του ελευσομένου Μαρτίου, να τελειώσω την επισκευήν τού ορφανοτροφείου, την οποίαν είχα προ πολλού αρχίσει, να γράψω προς τους γονείς των ευκαταστάτων παιδίων και να τα εξοικονομήσω κατά την γνώμην των, να οικονομήσω όπως δυνηθώ τα ορφανά μου, και έπειτα θέλω απέλθει, όπου ο Θεός με φωτίσει, και θέλω διαμείνει, όσον η θεία του πρόνοια ευδοκήση, μακράν των ορφανών μου και του ορφανοτροφείου εκείνου, το οποίον με ίδρωτας αίματος εκ θεμελίων ανέστησα».

Ο Φαρμακίδης συγκινείται από την έκκληση του Καΐρη και εισηγείται στην Σύνοδο να μην τον ενοχλήσουν περαιτέρω, εφ’ όσον ούτως ή άλλως έχει λάβει την απόφαση να φύγει. Όμως ο μητροπολίτης Κυνουρίας Διονύσιος, ο πρόεδρος της Συνόδου, που βρίσκονταν κάτω από την έντονη επιρροή τού Κωνσταντίνου Οικονόμου, επιβάλλει την άποψη ότι ο Καΐρης, προτού αποχωρήσει, ωφείλει να εκπέσει του ιερατικού αξιώματος.

Εν τω μεταξύ, οι ιδέες τού Καΐρη διαδίδονται με τόση ταχύτητα, ώστε το Πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως θορυβείται και εκδίδει «Πατριαρχικήν και Συνοδικήν Εγκύκλιον επιστολήν, περί της νεωστί αναφανείσης αντιχρίστου διδασκαλίας τού Θεοσεβισμού», όπου απειλείται με επιτίμια οιοσδήποτε ακολουθεί την διδασκαλία τού Καΐρη και αναγγέλλεται η ίδρυση θεολογικής σχολής στην Κωνσταντινούπολη, στην οποία ωφείλουν να φοιτήσουν εκ νέου οι απόφοιτοι της σχολής τού Καΐρη, προκειμένου να αποβάλλουν τις θεοσεβικές ιδέες, ώστε να τους επιτραπεί κατόπιν να εργασθούν ως διδάσκαλοι.

Η δίωξη κατά του Καΐρη είναι ολοκληρωτική. Την 28η Αυγούστου 1839 συμβαίνει το αδιανόητο: Διατάσσεται ο ναύαρχος Κωνσταντίνος Κανάρης να πλεύσει πρώτα στην Τήνο για να πάρει από εκεί τον διοικητή της Τήνου και να τον πάει στην Άνδρο, ώστε ο τελευταίος μαζί με τον μητροπολίτη Άνδρου να τον οδηγήσουν στην Αίγινα και να τον παραδώσουν στον τοπικό μητροπολίτη. Όπερ και εγένετο: Τον Οκτώβριο καταπλέει η ναυαρχίδα του στόλου στην Άνδρο και δίνεται διορία μισής μόλις ώρας στον Καΐρη για να εγκαταλείψει το ορφανοτροφείο. Ολόκληρο το νησί αναστατώνεται και οι κάτοικοι, ακόμη κι αυτοί που δεν ήταν οπαδοί της θρησκείας του, συγκινημένοι συντροφεύουν τον διδάσκαλο μέχρι το λιμάνι. Στο πλοίο τον υποδέχεται με ιδιαίτερο σεβασμό ο Κανάρης, ο οποίος και θυμάται με συγκίνηση το ιστορικό εθνεγερτικό κήρυγμα του Καΐρη στα Ψαρά. Τον πηγαίνουν αρχικά στην Αίγινα, όπου κρατείται για λίγο στην μονή της Κοιμήσεως και στον συνέχεια τον μεταφέρουν στην Αθήνα.

Την 21η Οκτωβρίου 1839, ο Καΐρης παρουσιάζεται ενώπιον της Ιεράς Συνόδου και διαμαρτύρεται: «Επιτρέπεται, εν ευνομουμένω κράτει, καυχωμένω μάλιστα επί ανεξιθρησκία, να ερευνά τις την συνείδησιν του άλλου και να ζητή έγγραφον ομολογίαν τής πίστεως του; Αν τούτο επιτρέπεται, τότε ας ομολογήσωμεν ότι δεν αφιστάμεθα πολύ της εποχής των δικαστηρίων τής Ιεράς Εξετάσεως». Και συνεχίζει ο Καΐρης: «Ούτε εισηγητής, ούτε ιδρυτής νέας θρησκείας είμαι, διότι φρονώ ότι τούτο δεν είναι έργον ανθρώπου, καθόσον τα τοιαύτα εις δύναται, ο εκ του μηδενός παράγων το σύμπαν. Η Θεοσέβεια δεν έχει άλλον διδάσκαλο ει μη μόνον τον Θεόν, καθότι επομένως είναι απόρροια της ηθικής του Θεού επομένως, ως προείπων, ούτε καθιδρυτής είμαι της Θεοσέβειας, ούτε προσηλυτιστής είμαι υπέρ αυτής». Όση ώρα δε, βρίσκεται ο Καΐρης στο κτήριο της Συνόδου, απ’ έξω συγκεντρώνεται πολύς κόσμος, ο οποίος του εκδηλώνει με κάθε τρόπο την συμπάθειά του και την υποστήριξή του: Του φιλούν το χέρι και τα φορέματα και θέλουν οι ίδιοι να ζευχθούν στην άμαξα και να τον μεταφέρουν.

Η Σύνοδος, την 25η Οκτωβρίου 1839, καθαιρεί τον Καΐρη -παρά τη δήλωσή του ότι δεν δίδασκε Θεολογία αλλά Φιλοσοφία- και αναθεματίζει αυτόν και την θρησκεία του ως αίρεση, αποκαλώντας την Θεοσέβεια, «ασέβειαν» και «αθεΐαν» και τον ιδρυτή της, «αρνησίχριστον», «λυμεώνα» και «ψυχοφθόρον». Παρ’ όλα αυτά, η Γραμματεία των Εκκλησιαστικών, την επόμενη μέρα ζήτησε με έγγραφό της, οι συνοδικοί να «μακροθυμήσουν διὰ τινὰ καιρὸν ὑπὲρ τοῦ καταδικασθέντος καὶ ἀναβληθῆ ἐν τοσούτῳ ἡ ἐκτέλεσις τῆς ρηθείσης ἀποφάσεως, ἴσως ἐν τῷ μεταξὺ τούτῳ μετανοήσας ὁ κ. Καΐρης ἐπιστρέψῃ εἰς τὴν εὐθείαν ὁδόν, καὶ διὰ τοῦ μέσου τούτου σωθῇ ἐκ θανάτου ψυχὴ κατὰ τὸν θεῖον Ἰάκωβον». Η Σύνοδος συμφώνησε με την πρόταση αυτή, αλλά επέμεινε στην απομάκρυνση του Καΐρη από την κοινωνία και τον εγκλεισμό του σε μοναστήρι. Η λαϊκή συμπαράσταση όμως προς τον διδάσκαλο συνεχίζεται αμείωτη· οι κάτοικοι της Άνδρου αποστέλλουν μάλιστα επιστολή προς τον βασιλιά Όθωνα, όπου του ζητούν να παρέμβει προσωπικά για να σταματήσει η κακομεταχείριση του Καΐρη. Η εφημερίδα «Αθηνά» της 25ης Οκτωβρίου 1839, γράφει χαρακτηριστικά: «Στα μέσα του 19ου αιώνα έμελλε ν’ αναγεννηθεί στην Ελλάδα, μετά την πολιτική της αποκατάσταση, η ανάκρισις της συνειδήσεως και δεν μας μένει πλέον ει μη μόνον να ετοιμάσωμεν και τας πυράς!».

Ο γραμματέας της Συνόδου, Θεόκλητος Φαρμακίδης, τον υπερασπίσθηκε και πάλι και ζήτησε να του επιτραπεί να φύγει στο εξωτερικό, αντίθετα ο Κωνσταντίνος Οικονόμος, ο παλιός συμμαθητής του, ζήτησε με πάθος την καταδίκη του.

Τα πράγματα όμως λαμβάνουν δυσμενή τροπή. Το ορφανοτροφείο κλείνει οριστικά και ο Καΐρης εκτοπίζεται με βασιλικό διάταγμα της 28ης Οκτωβρίου 1839, στο μοναστήρι του Ευαγγελισμού τής Σκιάθου «ώστε να του δοθή καιρός να μεταμεληθή και να επιστρέψη εις την ευθείαν οδόν», όπως χαρακτηριστικώς γράφεται. Έτσι, ο Καΐρης φυλακίζεται σε ένα υγρό και παγωμένο υπόγειο, στερούμενος κάθε επικοινωνία με τον έξω κόσμο. Εκεί παρέμεινε υπό περιορισμὸν από τις 3 Νοεμβρίου 1839, έως και τις 10 Μαρτίου 1840, βασανιζόμενος από το παλαιό του τραύμα, τις αιμορροΐδες και την κακή διαβίωση. Η υγεία του επιδεινώνεται. Το κελί του έχει μόνο ένα ξύλινο κάθισμα και ένα στρώμα από άχυρα στο δάπεδο. Ένας καλόγερος του φέρνει ένα κομμάτι ξερό ψωμί το οποίο όμως του το δίνει ανοίγοντας ελάχιστα τη θύρα και αποφεύγοντας να τον κοιτάξει για να μην…«κολασθεί». Ενώ δε, βρίσκεται σ’ αυτήν την κατάσταση, η Ιερά Σύνοδος του στέλνει συνεχώς επιστολές, ζητώντας του να κάνει ομολογία πίστεως. Ο Καΐρης τούς καθιστά σαφές ότι δεν πρόκειται να προδώσει τις πεποιθήσεις του, αδυνατεί δε ν’ αντιληφθεί -τους λέει- τα χριστιανικά δόγματα· αν θέλουν ας τον αφήσουν να πάει στην Δύση να μελετήσει δογματική θεολογία και μακάρι να αντιληφθεί όσα μέχρι σήμερα τού είναι ακατάληπτα.

Εν τω μεταξύ, το κύμα των αντιδράσεων υπέρ του Καΐρη διογκωνόταν. Οι μαθητές του στέλνουν επιστολή από τη Σύρο, με ημερομηνία 25 Δεκεμβρίου 1839, η οποία δημοσιεύθηκε στο φύλλο 705/1840 της εφημερίδας «Αθηνά», με την οποία δηλώνουν ότι ο φιλόσοφος ουδέποτε τους δίδαξε αυτά για τα οποία τον κατηγορούν. Ακόμη και η εφημερίδα «Φίλος του λαού», η οποία ήταν ουσιαστικά το δελτίο τύπου της κυβέρνησης, μιλούσε για διαδηλώσεις υπέρ του Καΐρη στους δρόμους της Αθήνας.

Καθώς εξελίσσονταν οι διαδηλώσεις υπέρ του Καΐρη στην Αθήνα, επενέβη ο οικουμενικός πατριάρχης Γρηγόριος ο ΣΤ’, ηθικός αυτουργός και εμπνευστής του νέου διωγμού των διαφωτιστών. Ο Όθωνας δεν τολμούσε να έρθει σε μεγαλύτερη σύγκρουση με τους ρωσόφιλους, οπότε άφησε τον Καΐρη στη μοίρα του, παρά τις λαϊκές αντιδράσεις, πιστεύοντας πως έτσι θα κατάφερνε να διατηρήσει τις λεπτές ισορροπίες μεταξύ των αντιμαχομένων κομμάτων-φατριών, δεδομένου ότι τότε κάθε κόμμα λειτουργούσε ως εκπρόσωπος μιας μεγάλης ξένης δύναμης. Το 1840, στις 28 Φεβρουαρίου, η εφημερίδα «Αθηνά» δημοσίευσε γραπτή διαμαρτυρία Ελλήνων σπουδαστών που φοιτούσαν σε σχολές του Παρισιού. Το αίτημα ήταν πάλι η άμεση απελευθέρωση του Καΐρη.

Γιατρός που επισκέπτεται τον Καΐρη στο κελί του και τον εξετάζει, διαπιστώνει την άθλια κατάσταση της υγείας του. Η κυβέρνηση «ευαισθητοποιείται» και τον μεταφέρει σε άλλον, «ηπιώτερο» τόπον εξορίας, την μονή τού Προφήτη Ηλία στην Θήρα (Σαντορίνη). Μεταφέρθηκε με κανονιοφόρο του βασιλικού ναυτικού. Το πλοίο αναγκάσθηκε να αγκυροβολήσει για λίγο καθώς διέσχιζε το στενό του Ευρίπου λόγω της παλίρροιας. Οι κάτοικοι της Χαλκίδας, μόλις πληροφορήθηκαν ότι το πλοίο αυτό μετέφερε τον Καΐρη, συνέρρευσαν στη γέφυρα και χαιρετούσαν τον φυλακισμένο αγωνιστή του πνεύματος. Το πλοίο έδεσε στα Φηρά το βράδυ της 3ης Απριλίου 1840. Ο διοικητής της Θήρας Ν. Α. Τσαμαδός παρέδωσε τον κρατούμενο δάσκαλο στον ηγούμενο Ιερόθεο Ρώσο, μαζί με έγγραφο της Κεντρικής Διοίκησης, το οποίο διέτασσε την ανθρώπινη μεταχείριση του Καΐρη: Να υπάρχει μέριμνα για την υγεία και την ασφάλειά του, να τρέφεται καλά, να είναι ευάερο και ευήλιο το κελί του και να δέχεται επισκέψεις για την παρηγοριά του –τόσο από μοναχούς όσο και από συγγενείς του, με τους τελευταίους να χρειάζονται ειδική κυβερνητική άδεια. Στην Θήρα, ο Καΐρης παρέμεινε από τον Μάρτιο του 1840 μέχρι και τον Μάρτιο του 1842. Εκεί του φέρονται καλύτερα, η υγεία του όμως είχε ήδη διαταραχθεί επικίνδυνα κατά την κράτησή του στο κολαστήριο της Σκιάθου. Ήταν πλέον σχεδόν παράλυτος από τη μία πλευρά, ενώ και η ακοή και η όρασή του είχαν υποστεί βαριά βλάβη.

Από τη Θήρα, ο Καΐρης στέλνει επιστολή προς τον βασιλιά Όθωνα, με την οποία τού ζητά να δώσει επιτέλους λύση στο δράμα το οποίο ζει. Γράφει, μεταξύ άλλων: «Από του εν Σκιάθω τάφου μου, όπου άκριτος, ως ο κακουργότατος των ανθρώπων, ζων ετάφην επί μήνας ολοκλήρους και όπου κατ’ άγνοιαν της Υμετέρας Μεγαλειότητος και κατά προφορικάς διαταγάς των διωκτών μου υπέστην αφαντάστους τιμωρίας και βασάνους, δεν ηδυνήθην να υψώσω την φωνήν μου υπέρ τού πολίτου Έλληνος συκοφαντηθέντος εν εμοί, καταδικασθέντος ακρίτου και στερηθέντος των ιερωτέρων δικαίων του». Ζητά δε από τον βασιλιά είτε να δικαστεί, είτε να αφεθεί ελεύθερος να εργασθεί στο ορφανοτροφείο, είτε να αφεθεί να φύγει στο εξωτερικό. Την τελευταία λύση επιλέγει τελικώς η κυβέρνηση με βασιλικό διάταγμα της 9ης Οκτωβρίου 1841, χωρίς ενδιάμεσο σταθμό σε ελληνικό έδαφος και αργότερα αποστέλλει πλοίο για να τον παραλάβει. Το ίδιο διάστημα, η Ιερά Σύνοδος ζητούσε την εκτέλεση της καταδικαστικής της αποφάσεως και αναγνώσθηκε στις εκκλησίες η καθαίρεση του Καΐρη και ο αναθεματισμός τού ιδίου και της διδασκαλίας του.

Η στιγμή τής αναχωρήσεώς του είναι ιδιαιτέρως συγκινητική· όπως έγραψε ο διοικητής Θήρας σε επιστολή του προς το υπουργείον των Εκκλησιαστικών, καμμία στιγμή κατά την διάρκεια της Επαναστάσεως δεν τον στενοχώρησε τόσο όσο αυτή· εξορίζονταν ο άνθρωπος, ο οποίος άλλοτε διέτρεχε όλη την Ελλάδα όλη για να εμψυχώσει τους Έλληνες για τον αγώνα υπέρ της ελευθερίας. Την συμπάθεια αυτή του διοικητή προς τον γέροντα διδάσκαλο του Γένους, την αντιμετωπίζει με λοιδορίες ο υπουργός: «Τα υπέρ τού Καΐρη εκφραζόμενα αισθήματα υμών είνε αναμφιβόλως αισθήματα οίκτου, αλλ’ ο οίκτος είνε κοινός και εις τον όχλον…». «Όχλον», αποκαλεί ο υπουργός, τον απλό λαό, ο οποίος περιέβαλλε με αγάπη και θαυμασμό τον Καΐρη.

Ο εξόριστος Καΐρης αναχώρησε από την Θήρα στις 29 Μαρτίου 1842, με το πλοίο «Ευανθία», μεταβαίνοντας αρχικά στην Κωνσταντινούπολη, όπου έγινε δεκτός μ’ ενθουσιασμό από πλήθος κόσμου που τον επευφημούσε κι από εκεί, μέσω Σμύρνης, Σύρου και Μάλτας φτάνει στην Μασσαλία κι ακολούθως στο Παρίσι, όπου και παρέμεινε ολόκληρο το καλοκαίρι τού 1842. Τον Σεπτέμβριο του 1842, μεταβαίνει στο Λονδίνο, όπου έμεινε για αρκετόν καιρό, δεχόμενος τις περιποιήσεις πολλών παλιών του φίλων. Στην Ευρώπη τιμάται ιδιαιτέρως ο Καΐρης ως μάρτυρας της θρησκευτικής ελευθερίας, ενώ στο Λονδίνο αρχίζει σειρά φιλοσοφικών μαθημάτων, τα οποία αποκαλεί «Δευτέραν Περίοδον του Κηρύγματος της Αληθείας».

Τον Σεπτέμβριο του 1843, έκανε μια προσπάθεια επαναπατρισμού, αλλά δεν του επετράπη η αποβίβαση σε ελληνικό έδαφος από το πλοίο με το οποίο είχε καταπλεύσει στην Σύρο. Οι προσφυγές που κατέθεσε στις Γραμματείες Δικαιοσύνης και Εσωτερικών, αλλά και στον βασιλιά, επικαλούμενος λόγους υγείας, δεν έφεραν κανένα αποτέλεσμα. Έτσι, αναγκάστηκε να επιστρέψει στην Μασσαλία της Γαλλίας όπου και παρέμεινε μέχρι τον Ιούνιο του 1844.

Το 1844 με την υποστήριξη του πρώην υπουργού Χρηστίδη και του πρωθυπουργού Ιωάννη Κωλέττη, κατορθώνει να επιστρέψει ο Καΐρης στην Ελλάδα, χάρις στο μόλις ψηφισθέν Σύνταγμα το οποίο καθιέρωνε την ελευθερία τής συνειδήσεως. Εγκαθίσταται στην Άνδρο και παρ’ ότι οι σωματικές του δυνάμεις τον εγκατέλειπαν προοδευτικά, διδάσκει μερικά άπορα παιδιά χάρις στην οικονομική συνδρομή ομογενών της Αγγλίας. Ο θάνατος όμως του Κωλέττη, το 1847, τον αφήνει απροστάτευτο, με αποτέλεσμα να αρχίσει νέα θύελλα επιθέσεων εναντίον του. Αιτία είναι η μεγάλη απήχηση του Καΐρισμού, η ίδρυση λεσχών θεοσεβών σε όλη την επικράτεια και το γεγονός ότι οι θεοσεβείς αρνούνται να βαπτίσουν τα παιδιά τους. Τον Νοέμβριο του 1848, η Σύνοδος έστειλε εγκύκλιο προς τους κατοίκους τής Άνδρου, συμβουλεύοντας να απομονωθεί «ὁ μέγιστος ὑμῶν ἐχθρὸς Καΐρης». Τα πνεύματα άρχισαν σταδιακά να οξύνονται, σε σημείο που να προκληθεί και επίθεση με λιθοβολισμό κατά του Καΐρη, στις 13 Μαρτίου του 1850. Το κλίμα υποδαύλιζαν και συνεχή εμπρηστικά δημοσιεύματα διάφορων εφημερίδων, αν και υπήρχαν μερικές που έπαιρναν το μέρος τού Καΐρη. Ενίοτε, ο Καΐρης συκοφαντούνταν πως είχε σχέση με τον Τεκτονισμό, παρ’ ότι ο ίδιος δεν άφηνε περιθώρια για τέτοιες εικασίες: «Μετὰ τῶν Μ(ασόνων) ὡς καὶ μετὰ ὁποιασδήποτε ἄλλης ἑταιρείας εἶναι ὅλως ἀνοίκειον καὶ ἁλυσιτελὲς νὰ σχετισθῇ τις ἐξ ἡμῶν».

Τον Αύγουστο του 1851, μετέβη στην Άνδρο ο νομάρχης Κυκλάδων με την συνοδεία εισαγγελέως και ανακριτού για να διεξάγουν διοικητικές ανακρίσεις ως προς τον «καΐρειο προσηλυτισμό», τα πορίσματα όμως δεν τον ενοχοποίησαν. Παρά τις εκθέσεις των δύο αλληλοδιαδόχων νομαρχών Κυκλάδων, Αμβροσιάδη και Ζυγομαλά, που επέμεναν ότι ο Καΐρης δεν έκανε προσηλυτισμό, ο υπουργός Δικαιοσύνης Βάλβης, στηριζόμενος σε έγγραφο της Συνόδου, διέταξε τον εισαγγελέα Πλημελειοδικών Σύρου να προβεί σε δίωξη των «αιρεσιωτών τής εν Άνδρω νέας θρησκευτικής αιρέσεως, της Θεοσέβειας», βασιζόμενος, μεταξύ άλλων, στο ότι ένας γιατρός ομολόγησε στο δικαστήριο ότι πρεσβεύει τον Θεοσεβισμό. Ο εισαγγελέας Ν. Στούπης ασκεί δίωξη και ο ανακριτής Σύρου, Σταύρος Λογοθέτης, αρχίζει τακτική ανάκριση που τερματίσθηκε με το από 26/5/1852 παραπεμπτικό βούλευμα, επικυρωθέν με το 2693/1852 βούλευμα των εν Αθήναις εφετών.

Στις 21 Δεκεμβρίου 1852, ο Καΐρης και τρεις φίλοι του, οι Σπυρίδωνας Γλαυκωπίδης, Γρηγόριος Δεσποτόπουλος και Θεόφιλος Λουλούδης ή Μονοκόνδυλος, παραπέμπονται σε δίκη, «κεκλεισμένων των θυρών», στο πλημμελειοδικείο Σύρου, όπως αναφέρεται και στο βιογραφικό τού Καΐρη που έγραψε ο Δημήτριος Πολέμης, «ὡς συνεταῖροι καὶ διαδόται θρησκευτικῆς αἱρέσεως μὴ ἀναγνωρισμένης ὑπὸ τῆς Κυβερνήσεως καὶ οὐσιωδῶς ἀντιβαινούσης εἰς τὰ δόγματα τῆς Ὀρθοδόξου Ἐκκλησίας καὶ ἐπὶ προσηλυτισμῷ, ἐπὶ πλέον δὲ οἱ Δεσποτόπουλος καὶ Λουλούδης ὡς κατ’ ἐπανάληψιν χλευάσαντες τὰ δόγματα καὶ τὰ μυστήρια τῆς Ἐκκλησίας, κατὰ τὸ παραπεμπτικὸν βούλευμα». Συνήγορός τους είναι ο διαπρεπής νομομαθής Νικόλαος Σαρίπολος και ο Ιωάννης Παλαιολόγος. Πρόεδρος του δικαστηρίου, ο Ιωάννης Δοξαράς. Η ημέρα τής δίκης είναι η «ωραιοτέρα τού βίου του», όπως δηλώνει ο ίδιος. Με παρρησία και ειλικρίνεια, διακηρύσσει την πίστη του ενώπιον του δικαστηρίου: «Ονομάζομαι Θεόφιλος Καΐρης, εγεννήθην και κατοικώ εις Άνδρον, ετών 68, διδάσκαλος και θεοσεβής την θρησκείαν». Εν συνεχεία δε, εξηγεί πως πάντοτε αμφέβαλλε για τα δόγματα της χριστιανικής θρησκείας και πως έφθασε να γίνει θεοσεβής: «Επί τέλους γαληνιαίαν τινά και νήνεμον νύκτα ατενίσας προς τον αστερόεντα μεγαλοπρεπέστατον και λαμπρότατον ουρανον ενόμισα ότι ανέγνων επ’ αυτού χρυσοίς γράμμασι τας λέξεις “Θεόν σέβου”, “Θεόν αγάπα”. Έκτοτε ησθάνθην καταπαύουσαν την ταραχήν τής ψυχής μου την μέχρι της στιγμής εκείνης ως εκ της αμφιβολίας κατασπαράττουσαν το πνεύμα μου».

Ο λόγος δε του Σαρίπολου αποτελεί αληθινό κήρυγμα θρησκευτικής ελευθερίας, μέσα στο οποίο τονίζεται, μεταξύ άλλων, ότι βάσει του Συντάγματος, κάθε γνωστή θρησκεία δικαιούται να υπάρχει, άλλα και ότι είναι αδιανόητο να κατηγορηθεί ο Καΐρης ότι διασπά την ενότητα του έθνους, ο άνθρωπος ο οποίος κατά την διάρκεια του ελληνικού Αγώνα και κατόπιν υπήρξε πάντοτε «άγγελος της ομονοίας». Τελειώνει δε την αγόρευσή του, με μια θλιβερή, πλην όμως εκπληρωθείσα, προφητεία: «Κύριοι Δικασταί, αν καταδικάσητε τους κατηγορουμένους, ίσως θέλητε νομίσει ότι τους καταδικάζετε εις φυλάκισιν. Εγώ όμως σας λέγω, ότι το ταλαίπωρον τούτο και ημίξηρον του Θεοφίλου σωμάτιον θέλετε καταδικάσει εις θάνατον».

Οι δικαστές, αγνοώντας την έκκληση-προειδοποίηση του Σαρίπολου, καταδικάζουν τον Καΐρη σε φυλάκιση 2 ετών και 10 ημερών, καθώς και σε αστυνομική επιτήρηση 7 ετών, ενώ τους φίλους του σε μικρότερες ποινές. Ο Θεόφιλος Καΐρης και οι τρεις συγκατηγορούμενοί του προσέβαλλαν την απόφαση του δικαστηρίου της Σύρου, με την από 24/12/1852 αναίρεσή τους ενώπιον του Αρείου Πάγου. Τον Καΐρη τον μεταφέρουν σ’ ένα υγρό και δυσώδες κελί στις φυλακές Σύρου. Εκεί, ο Καΐρης ασθενεί βαριά και οι συγγενείς του ζητούν από τον εισαγγελέα να μεταφερθεί σε άλλο κελί. Ο εισαγγελέας μεταφέρει το αίτημα στον υπουργό Δικαιοσύνη, ο οποίος και αρνείται, προβάλλοντας την ασύλληπτη και αισχρή δικαιολογία, ότι ο Καΐρης είναι ούτως ή άλλως ασθενής, όποτε…«διατί να του αλλάξουμε κελλί;»

Την νύχτα τής 9ης προς την 10η Ιανουαρίου 1853, έρχεται η μοιραία ώρα: Η ψυχή τού Θεόφιλου Καΐρη εγκαταλείπει το πολυβασανισμένο του σώμα…

Σύμφωνα με την έκθεση του νομάρχη Κυκλάδων, που απέστειλε στο υπουργείο Εσωτερικών, ο Καΐρης «ἀπεβίωσεν ἐν τὴ οἰκία τοῦ κυρίου Νικολάου Γιαγτζῆ, ἐνοικιασθείσῃ ἀρτίως πρὸς χρῆσιν φυλακῶν ὅπου ἐκρατεῖτο μετὰ τῶν λοιπῶν συγκαταδικασθέντων ὡς ὑπόδικος». Στην ίδια έκθεση λέγεται πως, του παρασχέθηκαν οι απαιτούμενες ιατρικές και άλλες περιποιήσεις και ότι του έγινε πρόταση να μεταφερθεί στο νοσοκομείο τής Σύρου, αλλά δεν δέχθηκε, αξιώνοντας να μεταφερθούν μαζί του και οι συγκαταδικασθέντες. Ως αιτία θανάτου, αναφέρθηκε η σηψαιμία. Ο αδελφός του παρακαλεί θερμά τον εισαγγελέα να επιτρέψει την μεταφορά τού σώματός του στην Άνδρο, για να ταφεί στον περίβολο του ορφανοτροφείου, κατά τα θεοσεβικά έθιμα, όπως πάντοτε επιθυμούσε.

Και όμως, ο μητροπολίτης και λοιπές αρχές το αρνούνται· ο Καΐρης διώκεται και μετά θάνατον. Για να μη μεταβληθεί ο τάφος του σε τόπο λαϊκού προσκυνήματος, μουσουλμάνοι εργάτες -όχι χριστιανοί, για να μην «μολυνθούν»(!)- μεταφέρουν, νύχτα και μυστικά, το σκήνωμα του Καΐρη και το θάβουν στο λοιμοκαθαρτήριο, στα Λαζαρέτα της Σύρου, χωρίς να ειδοποιήσουν τους συγγενείς του. Την επόμενη μέρα δε, προχωρούν στην μεγαλύτερη δυνατή ύβρι, στο μέγιστο αίσχος: «Άγνωστοι» (οι «κακές γλώσσες» λένε, υπό την καθοδήγηση και τις «ευλογίες» του μητροπολίτη), σκάβουν τον τάφο, ξεθάβουν την σωρό του Καΐρη κι αφού ανοίγουν την κοιλιά τού νεκρού, ρίχνουν μέσα άσβεστο ασβέστη, για να λιώσει γρήγορα και να μην «μολύνει» την ένθεη κοινωνία της τότε Σύρου…

Στις 19 Ιανουαρίου 1853, λίγες μέρες μετά τον θάνατο του Καΐρη, συνεχίστηκε η δίκη στον Άρειο Πάγο, όπου με μία αγόρευση-καταπέλτη, ο Νικόλαος Σαρίπολος, κατηγόρησε το πλημμελειοδικείο Σύρου, ότι «περιεφρόνησε τας συνταγματικάς άρχάς επιστρέψαν εις τον Μεσαίωνα, δικάζον κατά το πρότυπο των αθλίων διατάξεων του Ιουστινιανείου κώδικος». Οι πληρεξούσιοι δικηγόροι των τριών επιζώντων από τους κατηγορουμένους επικαλέσθηκαν νέους λόγους αναιρέσεως, αναφερόμενους όμως μόνο στους ζώντες πελάτες τους και η απόφαση που επακολούθησε αθώωσε μόνον αυτούς.

Ο Θεόφιλος Καΐρης (παρ’ όλο που ανεφέρθη από τον Νικόλαο Σαρίπολο ότι «ο εκ των πελατών μου και φίλων μου, ο γηραιός σοφός και ενάρετος Θεόφιλος Καΐρης προ οκτώ μόλις ημερών κατέβη οικτρώς εις τον τάφον» και παρ’ όλο ότι η ίδια η απόφαση αναφέρει ότι «εν τούτω τω μεταξύ απέθανεν ο Θεόφιλος Καΐρης») παρακάμφθηκε από το διατακτικό της απόφασης. Το διατακτικό αυτό, αν και επί της έδρας ήταν επιφανείς δικαστές (ανάμεσα στους οποίους και ο θρυλικός δικαστής τής δίκης του Κολοκοτρώνη (1834) Αναστάσιος Πολυζωίδης) δεν διέλαβε την «παύση της ποινικής διώξεως του Θ. Καΐρη λόγω του θανάτου του», διάταξη που θα ισοδυναμούσε με την αθώωσή του. Για να γίνει πιο κατανοητό αυτό ας ειπωθεί ότι ο Άρειος Πάγος δίκασε, ως όφειλε, μόνο τους ζώντες (και παρόντες) κατηγορουμένους. Ο Καΐρης, αφού είχε πεθάνει, δεν παρέστη ούτε ο ίδιος ούτε μπορούσε να έχει πληρεξούσιο δικηγόρο. Η απόφαση αφορούσε συνεπώς μόνον τους άλλους τρεις συγκατηγορουμένους του Καΐρη (άλλωστε τούτο αναγράφεται και στο σκεπτικό της απόφασης). Ο Θεόφιλος Καΐρης, εφ’ όσον δεν διετάχθη η παύση τής εναντίον του ποινικής διώξεως, παραμένει βεβαρημένος με τις καταδικαστικές διατάξεις της πρωτοδίκου αποφάσεως, η οποία αναιρέθηκε μόνον ως προς τους συγκατηγορουμένους του Καΐρη. Βεβαίως, η απόφαση του Αρείου Πάγου «αθώωσε την πράξη». Όμως η μη ρητή αναφορά του διατακτικού στον Θεόφιλο Καΐρη, αφήνει νομικά, δικανικά και δικαστηριακά αδικαίωτο τον αποθανόντα. Εν τούτοις και οι άλλοι τρεις καταδικασθέντες, παρά την αθώωση, παρέμειναν στις φυλακές τού Ναυπλίου επί ένα έτος περίπου.

Το μίσος κατά τού Θεόφιλου Καΐρη έμεινε άσβεστο για πολλά χρόνια ακόμη. Αρκεί να σκεφθεί κανείς, ότι στις αρχές τού 20ού αιώνα, δεν επετράπη να ανεγερθεί προτομή τού διδάσκαλου Καΐρη. Ο λογοτέχνης Παύλος Νιρβάνας θα γράψει: «Δεν πίστευα ποτέ μου -όμως το είδα κι’ αυτό πριν πεθάνω-, πως στις ημέρες μας, υπουργική διαταγή θα κατέβαζε από το βάθρο της, μαρμαρένια προτομή ενός σοφού, μόνο και μόνο γιατί την εποχή του χαρακτηρίσθηκε αιρετικός… Δυστυχώς, τα τελευταία χρόνια, η ελευθερία της σκέψεως φάνηκε πως είναι όνειρο ακόμη για την Ελλάδα. Το καλογερικό πνεύμα, δεν θέλει να αναγνωρίσει σε ποια εποχή βρισκόμαστε…».
[Η μαρμάρινη προτομή τού Καΐρη τοποθετήθηκε τελικά, το 1912, στην πλατεία της Χώρας, με κοινή δαπάνη των κατοίκων της Άνδρου]

Ο Καΐρης δεν άφησε συγγραφικό έργο αντάξιο της φήμης του. Τα δύο σημαντικότερα δημοσιεύματά του, η «Γνωστική» (1849) και τα «Στοιχεία Φιλοσοφίας» (1851), αναφέρονται πρωτίστως στο φιλοσοφικό και δογματικό υπόβαθρο της θρησκείας του. Άλλα έργα του είναι τα «Φιλοσοφικά και φιλολογικά» (Πάτρα 1875), ενώ ανώνυμα, στο Λονδίνο, εκδόθηκε η «Θεοσοφία», σε δύο τεύχη, το ένα με τίτλο «Θεοσεβών προσευχές και ιερά άσματα» και το δεύτερο με τίτλο «Διαγωγή θεοσεβούς». Επίσης, «Σύντομη έκθεση των περί αθανασίας της ψυχής κυριοτέρων επιχειρημάτων», «Κοσμοσοφία ή το καθολικό αλληλέγγυο» (Βρυξέλλες 1855). Πολλά έργα του σώζονται ανέκδοτα, καθώς ομιλίες και επιστολές. Ίσως το πλέον ενδιαφέρον κείμενό του, είναι η αυτοσχέδια (όπως προαναφέρθηκε ότι γράφτηκε τότε) προσφώνηση προς τον Καποδίστρια (1828), κήρυγμα επίκαιρο κατά τα έτη εκείνα, και μετέπειτα, υπέρ της ελευθερίας, της δικαιοσύνης, της αδελφοσύνης, της αξιοκρατίας.

Η όλη μεταχείριση όμως, του φιλότιμου, σοφού διδασκάλου και αγωνιστή της ελευθερίας, του «νεότερου Σωκράτη», όπως αποκάλεσαν τον Καΐρη, θα μείνει αιώνιο στίγμα ανεξίτηλο για το νεοελληνικό κράτος, με τους φυσικούς και κυρίως τους ηθικούς αυτουργούς να παραμένουν αστιγμάτιστοι…